由于四章京上任不久就发生了政变，他们四人一起登上了断头台，所以他们之间的冲突并没有如杨锐所担心的那样发生。在他们共同协助光绪皇帝推行新政的那半个月里，他们之间的密切合作应该说还是主流，也有流传至今的佳话。比如9月8日，湖南举人曾廉上书弹劾康有为、梁启超创邪说舞文诬圣，聚众徒假权行教，“觊觎非常，大有教皇中国之意”，请求清廷斩康、梁以塞邪慝之门，以快人心，以申天讨。光绪皇帝得读此上书后深感事关重大，此书所反映的果真属实，康、梁必遭杀身之祸。为了保护康、梁，光绪皇帝将此书批转军机大臣裕禄，并示意裕禄转交与康、梁关系密切的新进军机章京谭嗣同逐条驳斥。谭嗣同见疏之后极为愤怒，在其所起草的谕旨中建议诛杀曾廉，以遏制反对势力对新政的攻击，对新人的陷害。光绪皇帝没有同意谭嗣同的建议，以为“甫诏求言，而遽杀人以逞，非所以服天下也”。第二天，谭嗣同再次请求光绪皇帝诛杀曾廉，光绪皇帝“卒格不下”，依然觉得诛杀的办法不合乎新政的精神，继续责成谭嗣同还是从道理上驳斥曾廉。谭嗣同在逐条驳斥曾廉的同时，并表明可以担保康、梁对大清王朝和光绪皇帝忠贞无二，公开表示“臣嗣同以百口保康、梁之忠。若曾廉之言属实，臣嗣同请先坐罪。”与谭嗣同同班轮值的新进军机章京刘光第也毅然在谭嗣同起草的文件上署名，称“臣光第亦请先坐罪。”谭嗣同、刘光第等新进军机章京勇于负责、勇于担当的正义之气深深地感动了光绪皇帝，光绪皇帝决定此事就此结束，并没有将曾廉的弹劾奏折呈送慈禧太后。