三年来，随着“文治”“武功”的建立，多尔衮的地位与权势得到了提高和扩张。顺治元年九月，被封为叔父摄政王，顺治二年五月，进封为皇叔父摄政王。多尔衮以皇帝长辈之尊，行摄政之职，凌驾于诸王贝勒之上，权倾朝野，天下只知有多尔衮而不知福临。不仅孝端皇太后和孝庄皇太后参政的权力遭到削弱，连皇上福临点头应诺的权力也受到侵犯，用福临的话说，“睿王摄政，朕惟拱手以承祭祀。凡天下国家之事，朕既不豫，亦未有向朕详陈者。”顺治四年六月，多尔衮以郑亲王济尔哈朗建造府邸超过定制之罪，罢济尔哈朗辅政王之职。七月，以其同母胞弟豫亲王多铎为叔父辅政王，进一步削弱了皇太后参政的权力。顺治四年十月，多尔衮以“风疾日重，行动不便”为由，不再入宫视事，南宫王府代替了武英殿，成了群臣早朝和奏请之所。并以“处事急需，削繁就简”为名，将大内贮放的大清信符印册取出，置于南宫王府。凡事一经思虑成熟，即签署加印发出，不再受大内官员的掣肘。多尔衮权逾皇帝，成了大清的实际统治者。
三年来，在创建这些文治武功的过程中，多尔衮逐步对六部大臣和八旗将领进行了更替和调整，悄悄地为自己登上皇位作准备。他以“完善六部机构”为名，提拔巩阿岱、韩伤、吴达海、英俄尔岱、郎球、星讷为六部尚书。巩阿岱是努尔哈赤五弟巴雅喇之子，吴达海是努尔哈赤二弟穆尔哈齐之子，在皇太极时代，他们都是不被重用的人。英俄尔岱长期担任镶白旗的固山额真，是多尔衮的大管家。郎球是礼部的官员，星讷是吏部的官员。这个六部班子，实质上是两白旗势力与反皇太极势力的结合。他以“征战需要”为由，任命拜音图（巩阿岱之兄）为镶黄旗固山额真，接替图尔格的职位；任命多铎的长子多尼为正蓝旗固山额真，执掌正蓝旗的实权；任命努尔哈赤六子塔拜之子额克亲为正白旗固山额真，接替阿山的职位；晋升两白旗年轻将领苏拜、阿尔津、博尔惠、罗什等为护军统领或参领，分别随各旗作战，以便掌握各旗的实际情况。他以“调整内院事务”为由，任命范文程、刚林、祁充格为文官衙门领袖，实际上将内院大权交给了刚林和祁充格。至顺治四年，朝廷所有机枢之位，俱为多尔衮亲信所执掌，连皇上福临身边的御前近臣锡翰、冷僧机、席纳布库等皆依附于多尔衮。福临的一举一动，都在多尔衮的掌握之中。权力的转移，使得福临只剩下“皇上”这两个字的空名了。